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細菌は薬剤耐性（抵抗性）のある淋菌が増加しています。耐性を考慮した抗生剤の投与で治療します。
抗生剤の経口薬（内服薬）のみで治療できることが多い印象です。しかし、耐性菌のために経口薬（内服薬）が効かない場合や、淋菌とクラミジア両方の混合感染という場合もあり、その場合は経口薬（内服薬）を変更することになります。
最近では抗生剤の経口薬（内服薬）を長期投与するよりも、十分量の薬剤を注射・点滴により投与し淋菌を確実に除菌する単回投与療法や、これに経口薬が併用される治療が推奨されてはいますが、実際は尿道炎だけでなく精巣上体炎や前立腺炎を合併している場合、もしくは淋菌とクラミジア両方の混合感染もあるので、これらの処方の仕方は、検査の種類や医者の判断になると思われます。

クラミジアや淋病などの性病で、自分だけが治療しても、パートナーが既に感染していれば、治療してもすぐ自分が再感染してしまいます。このように自分が治っても、またパートナーから感染させられ、なかなか治癒に至らない状態を「ピンポン感染」と言います。こうならないためにも少しでも異常があった場合は、恥ずかしがらずにパートナーと共に治療を受けることと、治療中もコンドームをつけることを推奨します。