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クラミジアは薬剤耐性（抵抗性）のあるものが増加しています。耐性を考慮した抗生剤の投与で治療します。すなわち、クラミジアに感受性をもつ抗菌薬による治療を行います。
マクロライド系、フルオロキノロン系の一部、テトラサイクリン系抗菌薬が、治療に用いられます。 経口、もしくは点滴での投与がなされます。
実際は尿道炎だけでなく精巣上体炎や前立腺炎を合併している場合、もしくは淋菌とクラミジア両方の混合感染もあるので、これらの処方の仕方は、検査の種類や医者の判断になると思われます。

クラミジアや淋病などの性病で、自分だけが治療しても、パートナーが既に感染していれば、治療してもすぐ自分が再感染してしまいます。このように自分が治っても、またパートナーから感染させられ、なかなか治癒に至らない状態を「ピンポン感染」と言います。こうならないためにも少しでも異常があった場合は、恥ずかしがらずにパートナーと共に治療を受けることと、治療中もコンドームをつけることを推奨します。