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淋菌以外が原因の尿道炎を「非淋菌性尿道炎」と言い、その多くは「クラミジア」と呼ばれるものです。クラミジアは球～卵状の、生きた細胞内でのみ増殖が可能な微生物で、学問的にはクラミジア属に属し、細菌属には属しません。クラミジア属は4種に分類され、性感染症（STD）の原因となるものはChlamydia trachomatisの1種です。

クラミジアの男性の特徴的な症状としては、淋病よりも薄くてやや水っぽいウミが、尿道から出て下着についたり、軽度の排尿時痛、尿道の不快感といったものです。
女性に感染しやすく、最悪の場合は稀に不妊症の原因になるので、パートナーの為にも早期治療をお勧めします。

（感染経路）
淋病と同様、クラミジア感染者の人と性行為をした場合。コンドームをしているから大丈夫という話しをよく聞きますが、相手が口腔内にも淋菌をもっていればオーラルセックス（フェラチオ・キスなど）でも感染します。

（男性の症状）
淋病と同様、感染すると排尿時痛や違和感があり、感染後の経過も症状も似ていますが、クラミジアは症状が出にくいということです。症状が出ない場合もあり、そのため他人に感染させる危険性も大きく、女性は不妊症の原因になることもあり注意です。
クラミジアによる男性の主症状は尿道炎ですが、上行性に急性精巣上体炎、前立腺炎を認めたり、オーラルセックスやアナルセックスのため咽頭炎、直腸炎なども認められます。

（女性の症状）
女性の多くは淋病と同様、感染の自覚が無いため、無治療でそのまま放置されることが多く、男性のクラミジア感染症の感染源になることが多いので注意が必要です。
好発部位としては子宮頸管炎を引き起こします。上行性に子宮卵管を経由して腹腔内に感染すると、卵管炎、卵管周囲炎、卵巣炎、卵管周囲癒着などを発症し、不妊症の原因になります。
一方、妊婦が感染すると、柔毛膜炎や羊膜炎が発症すれば早産・流産の原因にり、分娩時の産道感染（垂直感染）により新生児結膜炎や肺炎の原因になります。

（その他の症状）
咽頭炎、扁桃炎（オーラルセックスによる）、肛門直腸炎（アナルセックスによる）、分娩時の産道感染（垂直感染）による新生児の結膜炎など。